Il centro abitato sorge su un complesso di colline, pochi chilometri a sud-est del Lago di Lesina, a fare da avanguardia settentrionale del  promontorio del Gargano . Il territorio comunale è compreso tra i laghi di Varano e Lesina. Vi si riscontra un insieme variegato di microambienti e paesaggi, nei quali anfratti, grotte e sorgenti rivelano la natura fortemente carsica del territorio.

La grotta  più importante è la Dolina Pozzatina, un grande anfiteatro naturale a pochi chilometri da San Nicandro.

Alcune di queste caverne sono importanti siti archeologici, nella Grotta dell' Angelo, ad esempio, sono state scoperte alcune tombe longobarde. Il paese vanta anche la presenza di un centro storico tutto da visitare, a cominciare dal borgo di Terravecchia.

Le leggere alture che si distendono attorno alla città, sono ricche di mandorleti, vigneti e oliveti, un paesaggio decisamente caratteristico. Sulla sommità di una di queste alture, monte d'Elio, si trova l'antica chiesa romanico-pugliese di Santa Maria di Monte d'Elio.

La peculiarità di San nicandro sta nelle bellezze naturali e paesaggistiche che regala al visitatore. Molto suggestivi sono i vivaci scenari naturalistici dipinti   dddddipej dupintdal verde degli ulivi e dal blu intenso del mare. Comunque, oltre alle splendide caratteristiche naturali dell’ambiente in cui sorge l’abitato, non mancano attrattive storico-artistiche come il pittoresco Castello.

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