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E' appena il caso di accennare, perché sotto gli occhi di tutti, che su 29 santuari, quelli dedicati alla Madonna sono 23. E' vero che il più importante santuario della storia di Capitanata, quello di San Michele, non è mariano e che a San Giovanni Rotondo l'interesse dei pellegrini si è spostato da tempo intorno alla tomba di P. Pio da Pietrelcina. Ma è vero anche che i santuari mariani in Capitanata sono capillarmente e uniformemente diffusi. La devozione alla Madonna è l'elemento base della spritualità delle popolazioni daune. La storia di alcuni santuari mariani si identifica con la storia della città stessa e la vita delle popolazioni viene scandita dalla sequenza delle feste mariane. Il maggior santuario mariano della Capitanata, l'Incoronata di Foggia, ha una straordinaria forza di irradiazione. Nei tempi passati analoga caratteristica avevano i santuari della Madonna di Pulsano e quello di Stignano. Pulsano svolgeva il suo ruolo soprattutto nelle popolazioni garganiche e fra i pellegrini diretti alla Grotta di San Michele. Il Santuario di Stignano, invece, irradiava la sua influenza in tutta la Capitanata centro-settentrionale e il Gargano sud-occidentale abbracciando città come Foggia, San Severo, San Marco in Lamis, Sannicandro; si saldava, inoltre, ai percorsi della transumanza.  

Questi ultimi cinquant'anni hanno portato un notevole mutamento nella fenomenologia del pellegrinaggio. I pellegrini non arrivano più a piedi, né rimangono lontani dai luoghi di origine più di qualche giorno. Sono venuti meno, quindi, usi e costumanze religiose derivanti dalla specifica configurazione dei pellegrinaggi di un tempo. Anche lo spazio dedicato al sacro si è ridotto, razionalizzandosi, passando cioé da forme spontanee in cui predominavano espressioni tradizionali e locali ispirate a forme individuali o etniche, a forme più canoniche e organizzate, meno fantasiose e meno localmente caratterizzate. Il santuario principale, pur rimanendo intatta la centralità del Gargano, non è più la Grotta di San Michele, bensì la tomba di P. Pio da Pietrelcina a San Giovanni Rotondo. Questo fatto, tuttavia, non ha nuociuto al sistema di santuari già esistenti che, anzi, ne è risultato sostanzialmente potenziato, accogliendo non solo i pellegrini tradizionali ma anche i nuovi pellegrini diretti alla tomba di P. Pio la quale pur essendo il più giovane dei santuari della Capitanata, si è inserita con un ruolo proprio nell'insieme dei percorsi stabiliti dalla storia, i quali risultano, in questo modo, sostanzialmente inalterati. Anche l'internazionalizzazione delle comitive ha provocato una maggiore frequentazione di quasi tutti i santuari: mentre fino al 1950 la totalità dei pellegrini provenivano dalla Puglia, dall'Abruzzo, dal Molise, dalla Basilicata, dalla Campania e dal Lazio meridionale, ora il movimento devoto impegna tutte le regioni d'Italia, molti paesi europei e diversi extra europei. Un altro dato da tenere in considerazione è l'aumento delle presenze dei pellegrini i quali oggi nella zona di San Giovanni Rotondo si aggirano intorno ai 5.000.000 di unità annue.  

Vale la pena sottolineare, in questa sede, che i Santuari della Capitanata sono un bene da conservare e tutelare come eredità preziosa dei padri. Ci si riferisce in primo luogo agli stessi edifici santuariali, spesso caratterizzati da emergenze artistiche di grande rilievo, e agli ambienti naturali nei quali essi sono inseriti.  
Ci si riferisce, parimenti, a tutti i manufatti accumulatisi nel tempo ad opera dei pellegrini. Quando si scende nella Grotta dell'Arcangelo a Monte Sant'Angelo non si può non notare la continuità storica e di fede che lega le genti della Capitanata ai loro antenati e alle popolazioni, spesso remote nel tempo e nello spazio, che qui sono salite in devoto pellegrinaggio. Qui l'Italia e l'Europa appaiono unite da tempi immemorabili, nonostante la varietà delle stirpi e delle lingue. I nomi di regine e re longobardi, di papi e di imperatori, di personaggi conosciuti e sconosciuti dai nomi strani e peregrini dalla profondità dei tempi si uniscono con ammirevole e inalterata comunione e continuità con gli attuali pellegrini. Di molti di essi sono rimaste importanti tracce: graffiti ed ex voto, espressioni artistiche e strutture architettoniche, ospedali e luoghi di accoglienza, cappelle votive. Tra le collezioni sono da ricordare quelle degli ex voto sparse un po' dovunque tra i santuari di Capitanata fra cui le più importanti sono quelli di San Michele, dell'Incoronata a Foggia e di San Matteo a San Marco in Lamis. Tra le raccolte devozionali emerge quella del santuario di San Michele a Monte con le sue collezioni di iconografia micaelitica. A questa categoria possono ascriversi anche le opere d'arte realizzate intorno al santuario di P. Pio a San Giovanni Rotondo, dalla grande Via Crucis di Francesco Messina alle varie statue di P. Pio innalzate un po' dovunque. 
Un' altra fascia di beni culturali conservati nei santuari è costituita da quegli oggetti la cui raccolta e musealizzazione risponde a una ben precisa esigenza, propria dei santuari, di approfondire lo studio del territorio nel quale operano. A questo gruppo possono essere ricondotte la raccolta archeologica di San Matteo, come pure la collezione di sculture provenienti dall'antico monastero di Pulsano conservata, insieme a molte sculture che una volta erano nella Grotta, nei locali longobardi posti nel piano inferiore della Basilica di San Michele. A questa categoria si possono ascrivere anche le collezioni di paramenti liturgici, dei reliquiari e della suppellettile sacra conservate a San Matteo.  
Non piccola importanza, infine, rivestono gli archivi e le biblioteche fra cui emergono la Biblioteca del Santuario di San Matteo, l'Archivio Capitolare della Cattedrale dell'Iconavetere di Foggia, la Sala di Consultazione "P. Pio" a San Giovanni Rotondo e gli elementi superstiti dell'Archivio di San Michele.