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La sacra Grotta è stata prescelta da secoli come meta di pellegrinaggi, luogo di preghiera e soprattutto di riconciliazione con Dio. Le apparizioni infatti sono un segno, un invito rivolto all’uomo perché si inchini davanti alla Maestà Divina. Nell’arco di quindici secoli di storia, i cristiani da tutto il mondo sono venuti al Santuario del Gargano, "casa di Dio e porta del cielo", per ritrovare pace e perdono nelle braccia amorevoli del Padre e onorare l’Arcangelo S. Michele. Principe delle Celesti Milizie, proclamando come lui, con la propria vita :" Chi come Dio !". Fra i pellegrini troviamo numerosi Papi (Gelasio I, S. Leone IX, Urbano II, Alessandro III, Gregorio X, S. Celestino V, Giovanni XXIII da cardinale, Giovanni Paolo II), Sovrani (Ludovico II, Ottone III e sua madre Teofane, Enrico II, Matilde di Canossa,Carlo d'Angiò, Alfonso d'Aragona,Ferdinando il Cattolico ,

Entrati attraverso il portale romanico, ci troviamo all'interno della celeste Basilica, nel luogo prescelto da S. Michele. Da tutta l’atmosfera del sacro luogo promana un fascio oscuro e misterioso che si materializza nel gioco di luci e ombre tra gli anfratti e nella scintillante presenza dell’urna che racchiude la statua la statua di S. Michele Arcangelo di una espressività incomparabile. Si insinua nel cuore un desiderio prepotente di abbandono al perdono divino: è l’invito dell’Arcangelo guerriero a vincere le nostre debolezze e a riprendere il cammino, forti del perdono di tutti i nostri peccati. La Chiesa, non consacrata da mano umana, è ben distinta in due parti: una appena si entra, costruita in muratura, chiamata la Navata Angioina e un'altra allo stato naturale, una spelonca aperta dalla natura stessa nella roccia calcarea. 
Appena entrati, a destra, troviamo un piccolo altare, eretto in onore di S. Francesco: ne ricorda la sua visita al nostro Santuario, compiuta nel lontano 1216.

L'interno di questa grotta, consacrata non da mano umana, testimonia con i suoi diversi elementi la secolare storia. La varietà degli stili crea un'unica armonia che canta la gloria di Dio, quasi traducendo nella perfezione dell'arte il nome stesso dell'Arcangelo Chi come Dio!

• Nel presbiterio:

1. la statua di S. Michele protettore di questo luogo sacro, l’opera di Andrea Contucci detto anche il Sansovino (1507), scolpita nel marmo bianco di Carrara che rappresenta il Principe delle milizie celesti, in atteggiamento da guerriero che calpesta satana sotto le sembianze di un mostro,
2. la cattedra episcopale (prima metà del secolo XI),
3. la statua di S. Sebastiano (XV secolo),

• Accanto al presbiterio:

1. l'altare della Madonna del Perpetuo Soccorso (uno dei più antichi altari della Celeste Basilica),
2. l'altorilievo della SS. Trinità,
3. la statua della Madonna detta di Costantinopoli,
4. il bassorilievo di S. Matteo apostolo ed evangelista.

• In una piccola grotta, chiamata del Pozzetto, un simulacro in pietra di S. Michele del sec. XV 
• Una cavità della Grotta chiamata la cava delle Pietre in uscita di emergenza.
• Proseguendo, osserviamo il trono reale e due altari con baldacchino: del Crocifisso e di S. Pietro.

La Sagrestia