La chiesa è ben distinta in due parti: una appena si entra, costruita in muratura, chiamata la Navata Angioina e un'altra allo stato naturale, una spelonca aperta dalla natura stessa nella roccia calcarea.
La parte in muratura si presenta come una navata di stile gotico, divisa in tre campate con volta a crociera e un abside. Anche per costruzione fautore fu Carlo D'Angiò. La costruzione della navata fu ultimata nel 1273 oppure secondo altri, nel 1295. Prima di entrare nella Sacra Grotta, fermiamoci nella navata Angioina. Appena entrati, a destra, oserviamo l'altare dedicato a San Francesco (ne ricorda la visita al Santuario, nel 1216, per lucrare il perdono angelico, non sentendosi degno di entrare nella Grotta si fermò in preghiera e raccoglimento al suo ingresso). Giù in fondo, nell'abside, si erge l'altare del Santissimo Sacramento; a sinistra dietro una porta di ferro troviamo la Cappella della Croce; accanto, sopra alcuni scalini, è situato il coro.
